Ožje mestno in primestno področje Škofja Loke je opremljeno z mešanim kanalizacijskim sistemom, to je skupnim odvajanjem komunalne in padavinske vode, ki se zaključuje s končnim čiščenjem na centralni čistilni napravi. Vsa novejša kanalizacija, ki se pospešeno načrtuje in gradi predvsem v primestnih naseljih, pa je načeloma ločenega sistema, ko se po enem kanalizacijskem sistemu odvaja samo komunalna odpadna voda, po drugem pa samo padavinska odpadna voda.

Pretežno mešani sistem kanalizacije ob deževnem vremenu in nalivih, obstoječe kanalizacijske cevovode maksimalno popolni, čistilna naprava pa tako povečanega dotoka ni sposobna sprejeti. V ta namen je trenutno zgrajenih več zadrževalnih in razbremenilnih bazenov deževnih vod, naloga katerih je, da zadržijo prvi, najbolj umazan val meteornih vod iz cestišč in jih po deževju odvedejo na čistilno napravo. Ostale odvečne močno razredčene vode se preko razbremenilnikov deževnih vod prelijejo v vodotoke.

Škofja Loka je geografsko zelo razgibana, zato ni mogoče gravitacijsko odvajati vseh odpadnih voda. Na sistemu JK Škofja Loka je bilo 1. 1. 2024 potrebnih 18 črpališč ter na sistemu JK Godešič-Reteče-Gorenja vas – Reteče 6 črpališč.

Izgradnjo komunalne infrastrukture zagotavlja Občina Škofja Loka.